甘蔗天冬氨酰半醛脱氢酶基因的电子克隆与分析

• 作者: 张玉叶 王建华 罗俊 苏亚春 苏炜华 许莉萍 阙友雄 黄宁
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 甘蔗 ASADH基因 电子克隆 生物信息学 电子表达分析
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 91-99
• 页数: 9页
• 分类号: Q785
• 字数: 5288字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.02.03

摘要

应用电子克隆技术,以水稻EF576477序列为探针,获得了甘蔗天冬氨酰半醛脱氢酶基因(aspartate-semialdehyde dehy-drogenase,ASADH)的一条cDNA全长序列,命名为ScASADH.采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、疏水性/亲水性、高级结构及功能域等方面进行预测和分析.结果表明:该基因全长1711bp,包含一个1128 bp的开放阅读框,编码375个氨基酸,该基因编码蛋白定位于细胞核,为可溶性蛋白,存在信号肽,二级结构原件多为无规卷曲,含有多个保守功能域,主要功能为翻译.电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗根尖、幼苗、花序、叶片和茎中组成型表达,其中在茎中的表达量比其他组织类型中表达量高.该基因的表达受葡萄搪杆菌和赤腐病菌的调控.