基于Cytoscape的蛋白质网络可视化聚类分析插件

• 作者: 唐羽 李敏
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 聚类算法 蛋白质网络 可视化分析 Cytoscape插件 CytoCluster
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 38-45
• 页数: 8页
• 分类号: R978.1+6
• 字数: 5480字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.01.07

摘要

蛋白质网络聚类是识别功能模块的重要手段,不仅有利于理解生物系统的组织结构,对预测蛋白质功能也具有重要的意义.聚类结果的可视化分析是实现蛋白质网络聚类的有效途径.本论文基于开源的Cytoscape平台,设计并实现了一个蛋白质网络聚类分析及可视化插件CytoCluster.该插件集成了MCODE,FAG-EC,HC-PIN,OH-PIN,IPCA,EAGLE等六种典型的聚类算法;实现了聚类结果的可视化,将分析所得的clusters以缩略图列表的形式直观地显示出来,对于单个cluster,可显示在原网络中的位置,并能生成相应的子图单独显示;可对聚类结果进行导出,记录了算法名称、参数、聚类结果等信息.该插件具有良好的扩展性,提供了统一的算法接口,可不断添加新的聚类算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李敏	中南大学信息科学与工程学院	116	690	14.0	20.0
2	唐羽	中南大学信息科学与工程学院	1	10	1.0	1.0