甘蔗细胞色素C基因的电子克隆与分析

• 作者: 张玉叶 罗俊 肖新换 苏炜华 阙友雄 黄宁 黄珑
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 甘蔗 Cyt C基因 电子克隆 生物信息学 电子表达分析
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 10-17
• 页数: 8页
• 分类号: TS242.1|Q753
• 字数: 5020字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.01.03

摘要

以甘蔗类似细胞色素C的EST序列CF576943.1为探针,通过电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素C基因(Cytochrome C,Cyt C)的一条cDNA全长序列,命名为ScCyt C.用生物信息学方法对该基因氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测.结果表明:Cyt C基因全长1 073 bp,编码112个氨基酸,该基因位于细胞质,为非分泌型蛋白,无规卷曲为主要二级结构原件,含有1个保守功能域,主要功能为翻译并且在不同植物中具有高度保守性.电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗各个组织均有表达,其中在茎和根中的表达量比其他组织类型中表达量高,此外,该基因的表达可能受到低温的调控.为甘蔗细胞色素C基因的结构及其功能的研究奠定了一定的基础.