核盘菌基因组微卫星序列分析

• 作者: 张悦 李丹 王丽燕 陈子牛
• 来源期刊: 广东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 微卫星序列 核盘菌 基因组 分子标记
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 128-132
• 页数: 5页
• 分类号: S432.1|Q933
• 字数: 3690字
• 语种: 中文

摘要

利用已经公布的核盘菌基因组测序结果,对已有的核盘菌基因组中SSR的类型、大小及分布等数据进行统计分析.在核盘菌基因组内发现1 693个SSR序列,其中出现频率最高的为6碱基和4碱基的SSR序列,分别达到577次和449次,1碱基、3碱基和5碱基的SSR则分别出现97、180、57次.其中有340个SSR序列出现在308个基因内.大多数基因(284个基因)都只含有1个SSR,占含SSR基因总数的92.21％; 17个基因中含有2个SSR,6个基因中含有3个SSR,含4个SSR的基因只有1个.在基因序列内,出现最多的是3碱基与6碱基的SSR,这表明较之基因间区,在选择压力下基因内SSR多趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.为了解含有较多SSR序列与核盘菌基因功能的关系,将含2个以上SSR的基因预测蛋白序列根据NCBI网站CDD软件进行比对发现,24个基因只有6个具有保守的蛋白结构域,且这些结构域多与转录、DNA修复有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈子牛	昆明学院生命科学与技术系	20	52	4.0	6.0
2	张悦	昆明学院生命科学与技术系	7	20	3.0	4.0
3	王丽燕	昆明学院生命科学与技术系	1	0	0.0	0.0