基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

• 作者: 丰磊 吴玲惠 李元 舒青龙
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: Perl脚本 基因序列 物种分类信息 NCBI
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 170-177
• 页数: 8页
• 分类号: Q343.1
• 字数: 7020字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201802002

摘要

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错.本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息.通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息.本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	舒青龙	江西中医药大学生命科学学院	29	119	6.0	10.0
2	李元	江西中医药大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
3	丰磊	江西中医药大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
4	吴玲惠	江西中医药大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0