水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建方法

• 作者: 刘晓燕 李傲 邢林林 郭茂祖
• 来源期刊: 哈尔滨工业大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: 组织特异基因 同源映射 蛋白质-蛋白质相互作用 组织特异的蛋白质相互作用
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: TP391
• 字数: 7601字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11918/j.issn.0367-6234.201803117

摘要

组织特异的基因表达和蛋白质相互作用是研究基因调控、蛋白质功能、细胞过程的重要部分.相较于其他模式生物在蛋白质相互作用研究方面的进展,高等模式植物水稻中组织特异性蛋白质相互作用的研究十分缺乏.因此,提出了一种用于水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建的计算方法.该方法主要包含三部分:第一,在统一标准下融合多数据识别组织特异的基因;第二,提出了新的同源映射方法,并集成6种模式生物相互作用数据构建和评估目标物种蛋白质相互作用网络;第三,构建不同组织的蛋白质相互作用子网,并筛选高可靠的蛋白质相互作用.为了验证方法的有效性,构建并分析了水稻首个组织特异的蛋白质相互作用网络(PTSN4R:Predicted Tissue-Specific Network for Rice).PTSN4R包含了水稻23个组织的组织特异基因及对应的组织特异蛋白质相互作用子网,为分析组织特异的基因表达和蛋白质相互作用提供了便利条件.PTSN4R有助于理解水稻的生长调控机制,为水稻增产提供线索.同时,提出的方法能够方便的应用到其他物种,促进组织特异的蛋白质相互作用网络的研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓燕	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	35	237	8.0	14.0
2	郭茂祖	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	77	1227	20.0	33.0
5	邢林林	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	4	3	1.0	1.0
9	李傲	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	3	0	0.0	0.0