婴儿肠道菌群中乳酸菌的分离鉴定及其多样性分析

• 作者: 刘昕宇 周彦宏 姜毓君 徐红华 李虹甫 林官根 满朝新 陈思涵
• 来源期刊: 食品工业科技
• 学科: 工学
• 关键词: 婴儿肠道菌群 乳酸菌 多样性分析 抗生素 单分子实时测序
• 年，卷（期）: 2018,（19）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 96-100,108
• 页数: 6页
• 分类号: TS201.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13386/j.issn1002-0306.2018.19.017

摘要

结合传统培养方法与基于PacBio Sequel平台的单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)三代测序技术,对中国婴儿肠道菌群中的乳酸菌进行分离鉴定并分析其多样性,同时探究抗生素治疗对婴儿肠道乳酸菌多样性的影响.采用稀释涂布法培养分离粪便样品菌落,运用生理生化试验及16S rDNA序列比对鉴定菌株,并分析不同菌株间的系统发育关系.同时提取整体粪便样品的基因组DNA进行16S rDNA全长SMRT测序,利用QIIME、Mothur等生物信息学分析软件进行细菌群落结构和多样性分析.结果表明:中国婴儿肠道菌群中乳酸菌丰度及多样性普遍较低,传统培养方法分离出7种共32株乳酸菌,经鉴定为Lactobacillus rhamnosus、Enterococcus faecalis、L.gasseri、L.plantarum、L.casei、Pediococcus pentosaceus与Bifidobacterium longum;SMRT测序技术共获得11种乳酸菌,分别为L.rhamnosus、E.faecalis、L gasseri、L.casei、P.pentosaceus、L.paracasei、L.salivarius、L.paraplantarum、L.porcinae、B.pseudocatenulatum、B.longum.其中,抗生素组仅分离检测到2种乳酸菌,分别为L.porcinae和E.faecalis.传统培养方法与SMRT测序技术对婴儿肠道菌群中乳酸菌多样性的分析存在差异,且抗生素的使用会降低婴儿肠道菌群中乳酸菌的多样性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐红华	东北农业大学食品学院	56	717	16.0	24.0
2	姜毓君	东北农业大学食品学院	46	204	8.0	10.0
3	满朝新	东北农业大学食品学院	32	134	7.0	9.0
4	李虹甫	东北农业大学食品学院	3	2	1.0	1.0
5	刘昕宇	东北农业大学食品学院	2	2	1.0	1.0
6	陈思涵	东北农业大学食品学院	4	9	1.0	3.0
7	林官根	东北农业大学食品学院	3	3	1.0	1.0
8	周彦宏	东北农业大学食品学院	1	1	1.0	1.0