基于Cytoscape下斑马鱼衰老基因-蛋白质的模块化分析

• 作者: 李雷 蒋林华
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 斑马鱼 衰老分子机制 PPI 模块化 中枢基因
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 175-181
• 页数: 7页
• 分类号: Q344+.13
• 字数: 4171字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201901001

摘要

近20年来,斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模型动物.同时,通过对斑马鱼参考基因组序列和10000多个蛋白编码基因的鉴定,表明斑马鱼至少与人类基因有75％的同源性,进一步验证了斑马鱼基因组序列可以作为衰老的研究模型.此外,其良好保守的分子和细胞生理学的广泛特征使斑马鱼成为揭示衰老、疾病和修复的潜在机制的极好模型.但是斑马鱼衰老的分子机制很少发生分子间的相互作用,因此蛋白质-蛋白相互作用(PPI)网络是非常可取的.本实验描述了斑马鱼这种生物衰老机制的模型,其涵盖了与衰老相关的87种蛋白质之间的767种相互作用.这不仅包含准确预测的PPI,还包含从文献收集以及实验所得的那些分子相互作用.同时,将这些分子相互作用模块化,形成模块化,找到11个中心基因,分析预测其衰老过程.希望能帮助研究斑马鱼的学者研究其衰老过程,提供一些假说和帮助.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李雷	上海理工大学现代光学系统重点实验室	7	13	3.0	3.0
2	蒋林华	上海理工大学现代光学系统重点实验室	20	55	5.0	7.0