大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计

• 作者: 丁晓芳 李红钢 熊承良 熊锦文 田永红 黄东晖
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 引物设计 生物信息学 软件
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 53-57
• 页数: 5页
• 分类号: Q959.837|Q78
• 字数: 3715字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2007.02.002

摘要

设计用于SYBR Green I法实时定量逆转录多聚酶链反应(QRT-PCR)检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)mRNA的引物.从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集和分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6.22设计出一对长度为21bp的引物,其GC含量为52.4%;上下游引物3'最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1.5、-0.40 kcal/mol和-3.5、-0.90kcal/mol,引物间最稳定二聚体为-3.1 kcal/mol.5'端和中间△G值较高,高于3'端△G;引发效率分别455和403.实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于 SYBR Green I法实时定量检测(uPA)mRNA.