利用支持向量机和马氏判别式预测人类polⅡ启动子

• 作者: 杨科利 林昊
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: polⅡ启动子 离散增量 位置打分函数 支持向量机 贝叶斯判别函数
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 页码范围: 117-119,127
• 页数: 4页
• 分类号: Q753
• 字数: 3001字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2009.02.009

摘要

通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249～-1;0～+50;-30～+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31～-21;-4～+2;+25～+29)的3-mer频数作为位置打分函数的参数,分别利用支持向量机和马氏判别式为判别函数对启动子进行预测.用10折叠交叉检验来衡量两种算法的预测能力,预测结果成功率分别达到87.0%和87.9%.对于独立检验集,敏感性分别为62.7%和76.0%,特异性分别为77.5% 和66.8%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨科利	宝鸡文理学院物理系	11	29	4.0	5.0
2	林昊	电子科技大学生命科学与技术学院	10	13	2.0	2.0