牙鲆弹性蛋白酶cDNA全长和蛋白质结构分析

• 作者: 施志仪 陈晓武
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 牙鲆 弹性蛋白酶 三级结构 同源建模
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 页码范围: 300-303,310
• 页数: 5页
• 分类号: Q517
• 字数: 1292字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2009.04.016

摘要

为研究牙鲆丝氨酸蛋白酶家族的功能和及其家族的分子进化规律,从本实验室已构建的牙鲆肝胰脏cDNA文库进行了部分测序,从而筛选出一个弹性蛋白酶新成员:弹性蛋白酶5.在此基础上,结合Genbank数据库中已经提交的胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶,对三者蛋白质进行了序列分析和三维结构的比较.牙鲆弹性蛋白酶cDNA包含一个完整的读码框(提交Genbank的登录号为EU873084).其编码区平均GC含量为54%,推测编码的蛋白质包含296个氨基酸,分子量为29.04KD,等电点为6.14.蛋白序列比较表明它和牙鲆弹性蛋白酶3相似性最高.通过同源建模得到弹性蛋白酶5的三维结构和牛胰凝乳蛋白酶结构相似,包含了2个α螺旋、13个β折叠和13个转角结构.牙鲆弹性蛋白酶、胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶中底物结合区的3个关键氨基酸有明显的区别,这些氨基酸的变化改变了底物结合位点开口的大小,胰凝乳蛋白酶2的三个关键氨基酸和牛胰凝乳蛋白酶相同,该区域能接受结构较大的芳香族氨基酸;胰蛋白酶3能更好的结合阳性氨基酸Lys或Arg;而弹性蛋白酶开口很小,只能结合小的残基.上述结果证明了牙鲆丝氨酸蛋白酶家族中的弹性蛋白酶、胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶底物结合位点的结构差异决定了其对底物选择的特异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓武	上海海洋大学水产与生命学院	19	53	4.0	6.0
2	施志仪	上海海洋大学水产与生命学院	1	0	0.0	0.0