一种新的基因注释语义相似度计算方法

• 作者: 吴飞珍 王旺迪 郑文岭 陈启龙 马文丽
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 基因本体 基因注释 语义相似度
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 页码范围: 23-29
• 页数: 7页
• 分类号: TP391
• 字数: 5320字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.01.006

摘要

基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题.但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决.本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用.它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响.文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	上海大学电子生物中心	275	1255	15.0	23.0
3	郑文岭	上海大学电子生物中心	121	603	11.0	20.0
5	吴飞珍	上海大学电子生物中心	4	16	2.0	4.0
8	王旺迪		6	15	2.0	3.0
9	陈启龙	上海大学电子生物中心	9	74	6.0	8.0