流感病毒基因的密码子偏好性及聚类分析

• 作者: 徐利娟 穆松 钟金城 陈智华
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 流感病毒 密码子偏好性 聚类分析
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 175-179,186
• 分类号: Q811.4|Q62H30|Q92BO5
• 字数: 3252字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.02.019

摘要

流行性感冒病毒是一种造成人类及动物患流行性感冒的RNA病毒,它造成急性上呼吸道感染,并由空气迅速传播,在世界各地常有周期性的大流行.根据该病毒的基因组CDS序列,探讨了基因组序列密码子的使用模式和特性,并进行了病毒间的聚类分析.结果表明:流感病毒的G+C含量均低于A+U含量,偏向使用以A、U结尾的密码子的程度比使用以G、C结尾的较高,CUG、UCA、AGU、AGC、AGA、AGG、GUG、CCA、ACA、GGA、GCA、AUU、UGA、CAU、CAA、AAU、AAA、GAA等18个密码子为流感病毒共有的偏好性密码子,且以A结尾的居多,尤其偏爱AGA、GGA.聚类结果表明首先亚洲流感病毒H2N2和香港流感病毒H2N2聚为一类,亚洲流感病毒H1N1和俄罗斯流感病毒H1N1聚为一类,1997年和2003年~2004年发生的人禽流感聚为一类,说明它们的密码子使用的偏好性相似;而2009年爆发的甲型H1N1流感和任何一个流感的距离都比较远,说明甲型H1N1流感病毒是一种新型的病毒,不同于以往任何一种流感病毒.