基于剖面隐马氏模型的多序列比对

• 作者: 孙俊 李成渊 须文波 龙海侠
• 来源期刊: 食品与生物技术学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 多序列比对 剖面隐马尔可夫模型 量子粒子群优化算法
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 页码范围: 634-640
• 分类号: Q811.4
• 字数: 4494字
• 语种: 中文

摘要

多序列比对被称为NP完全问题,是生物信息中最基本的问题之一.目前,广泛使用剖面隐马尔可夫模型解决多序列比对问题.作者在粒子群优化算法的基础上,提出了将量子粒子群优化算法用于剖面隐马尔可夫模型的训练过程,进而构建了一种基于剖面隐马氏模型和量子粒子群优化算法的多序列比对算法.从核酸序列和BaliBASE比对数据库中选取了一些比对例子进行了模拟实验,并与其他算法进行了比较,结果表明,所提出的算法能在有限的时间内不仅能找到理想的隐隐马尔可夫模型,而且能得到最优的比对结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	须文波	江南大学信息工程学院	409	3078	23.0	34.0
2	孙俊	江南大学信息工程学院	186	1552	21.0	30.0
3	龙海侠	江南大学教育学院	9	88	5.0	9.0
4	李成渊	江南大学信息工程学院	4	5	1.0	1.0