果蝇启动子区域CpG岛和TATA框预测与分析

• 作者: 张小辉 王占彬 王玉琴 祁艳霞
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 果蝇 启动子 CpG岛 TATA框 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 页码范围: 82-85,90
• 页数: 5页
• 分类号: R318.04
• 字数: 4274字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.01.020

摘要

CpG岛和TATA框在基因表达调控方面具有重要的作用,本研究从EBI核酸数据库中下载经试验证实的果蝇启动子序列共计1 917条,对其中的CpG岛、GC碱基分布和TATA框进行了分析.预测果蝇启动子序列中CpG岛的最佳参数组合为:GC最低含量为0.44,CpG最低出现率为0.6,CpG岛最小长度为200 bp,在此条件下,发现有84.82%的果蝇启动子中含有1～2个独立的CpG岛.果蝇启动子序列的平均GC含量为39.83%,GC碱基在启动子中的分布表现出规律性变化.果蝇启动子中TATA框的分布比较广泛,有32.86%的启动子中含有1个TATA框;有18.73%的启动子中含有2个TATA框;另有13.88%的启动子中含有2个以上的TATA框;此外,有34.53%的启动子没有TATA框.表明果蝇启动子中有比较丰富的CpG岛和TATA框.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	祁艳霞	河南科技大学动物科技学院	42	164	6.0	11.0
2	张小辉	河南科技大学动物科技学院	61	218	7.0	12.0
3	王占彬	河南科技大学动物科技学院	135	668	12.0	20.0
4	王玉琴	河南科技大学动物科技学院	78	182	8.0	10.0