氨基酸邻域对二级结构的影响程度研究

• 作者: 朱佳杰 郑文岭 马文丽
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 神经网络 氨基酸邻域 蛋白质二级结构
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 37-43
• 分类号: TP391
• 字数: 4141字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.01.09

摘要

通过研究神经网络权值矩阵的算法,挖掘蛋白质二级结构与氨基酸序列间的内在规律,提高一级序列预测二级结构的准确度.神经网络方法在特征分类方面具有良好表现,经过学习训练后的神经元连接权值矩阵包含样本的内在特征和规律.研究使用神经网络权值矩阵打分预测；采用错位比对方法寻找敏感的氨基酸邻域；分析测试集在不同加窗长度下的共性表现.实验表明,在滑动窗口长度L=7时,预测性能变化显著；邻域位置P=4的氨基酸残基对预测性能有加强作用.该研究方法为基于局部序列特征的蛋白质二级结构预测提供了新的算法设计.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	上海大学电子生物中心	275	1255	15.0	23.0
3	郑文岭	上海大学电子生物中心	94	308	8.0	12.0
9	朱佳杰	上海大学电子生物中心	2	0	0.0	0.0