NDM-1的同源建模及其模型活性位点分析

• 作者: 楼泉 郑文岭 马文丽
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: NDM-1 多序列比对同源建模 活性位点分析
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 页码范围: 71-74
• 分类号: Q518.2
• 字数: 2264字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.02.01

摘要

近期研究发现的超级病原菌耐药的原因,是其含有一种特殊的金属内酰胺酶-NDM -1.采用计算生物学技术,通过分子建模、使NDM -1与其它金属B-内酰胺酶类相比对,探索NDM -1对于β-内酰胺类抗生素具有广谱的水解能力的分子机理,为相关新药的开发提供理论依据.将NDM -1序列用BLAST进行同源性搜索,挑选一些相似性较高的序列进行多序列比对的同源建模,对所得的模型进行评估.根据已知的VIM -2晶体结构,使计算的NDM -1模型活性位点与已知VIM -2金属酶结构进行比较分析；结果发现NDM -1在锌离子结合位点的几个关键的氨基酸残基,与VIM -2金属酶较为相似.同对活性位点附近的氨基酸残基的立体折叠结构也与VIM -2存在相似性.NDM -1水解谱的广泛性,可能在于活性位点附近一些氨基酸残基的差异,后者可通过改变空间结构,从而增加了 NDM -1的水解活性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	上海大学生命科学学院电子生物研究所	275	1255	15.0	23.0
3	郑文岭	上海大学生命科学学院电子生物研究所	94	308	8.0	12.0
9	楼泉	上海大学生命科学学院电子生物研究所	1	2	1.0	1.0