橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因的电子克隆及分析

• 作者: 仇键 刘实忠 张志平 杨文凤 校现周 罗世巧 魏芳
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 橡胶草 异戊烯焦磷酸异构酶 电子克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 209-215
• 页数: 7页
• 分类号: Q785
• 字数: 4649字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.03.09

摘要

利用电子克隆方法获得两条橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因(IDI)的cDNA序列和编码区基因组序列,分别命名为TkIDI1和TkIDI2,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行系统进化、亚细胞定位、活性位点、高级结构等方面的预测和分析.结果显示,TkIDI1的cDNA序列长度为980 bp,包含一个696 bp的开放读码框(ORF),编码232个氨基酸,预测定位于内质网或叶绿体上；TkIDI2的cDNA序列长度为1038 bp,包含一个843bp的ORF,编码281个氨基酸,预测定位于线粒体或叶绿体；而他们的截短转录本蛋白定位于胞质中,且都具有过氧化物酶体定位信号.结构分析表明TkIDI1和TkIDI2与植物IDI蛋白同源,活性位点保守,高级结构与其他植物的IDI均具有高度的相似性.