2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析

• 作者: 张道远 王明强 高贝
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 真藓 热激蛋白70 RNA-Seq 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3312字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.01.01

摘要

从银叶真藓（Bryum argenteum）转录组数据库出发，使用Pfam数据库提供的HMM模型共得到33条长度大于200aa，注释的热休克蛋白BaHSP70；其中2条（BaHSP70?1， BaHSP70?2）具有完整ORF，NCBI核酸数据库登录号为KP087877和KP087878。使用生物信息学在线分析工具和软件，对真藓HSP70的两条蛋白质序列从氨基酸组成、保守结构域、理化性质、疏水性／亲水性、信号肽、蛋白质结构、模体的识别及同源性分析等方面进行了预测和分析。结果表明：2条BaHSP70s基因序列ORF全长分别为2396 bp和2356 bp，分别编码649aa和650aa。序列模体分析表明BaHSP70s和其它报道的植物HSP70均含有4个相同的模体，并且各模体在蛋白质序列上顺序一致。通过对2条BaHSP70s进行氨基酸多序列比对及基因树分析，发现BaHSP70?1和BaHSP70?2雪莲相似度最高，分别是91．2％和86．6％。本研究为进一步研究HSP70基因的克隆和功能验证奠定了基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张道远	中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室中国科学院新疆生态与地理研究所	44	1021	16.0	31.0
2	王明强	中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室中国科学院新疆生态与地理研究所	4	5	2.0	2.0
6	高贝	中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室中国科学院新疆生态与地理研究所	6	13	2.0	3.0