基于功率谱的蛋白质序列特征提取新方法

• 作者: 唐旭清 李阳 梁启浩
• 来源期刊: 食品与生物技术学报
• 学科: 工学
• 关键词: DNA序列 功率谱 分层聚类 蛋白质序列 熵
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1160-1165
• 页数: 6页
• 分类号: TP391|O29
• 字数: 5030字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-1689.2018.11.007

摘要

采用分层聚类和熵评价方法进行基于功率谱的蛋白质序列特征提取新方法研究.具体包含以下3个内容:首先,基于经典的HP模型给出了氨基酸序列的数值序列表达;其次,采用离散傅里叶变换方法获取蛋白质序列的特征频谱,构造12维特征向量;最后,利用分层聚类法获取蛋白质序列的分层结构.这种新方法将基于功率谱的DNA序列特征提取方法推广到蛋白质序列上.通过基于19条动物线粒体脱氢酶亚基1和亚基4,以及11条β珠蛋白等3组数据的分层结构比较实验,结果表明,新方法在数据系统的分层结构的信息提取上优于基于功率谱的DNA序列分析方法.因此,新方法对确定未知基因的结构与功能有重要的生物意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李阳	江南大学理学院	9	14	2.0	3.0
2	唐旭清	江南大学理学院	40	707	9.0	26.0
3	梁启浩	江南大学理学院	3	2	1.0	1.0