mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析

• 作者: 张强 赵小庆 薄素玲 曹艳娟 苏文霞
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: mRNA序列 内含子 局域比对 最佳匹配片段 GC含量
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 149-156
• 页数: 8页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/201911004

摘要

剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作用,由此在成熟mRNA与相应的内含子之间也存在相互作用,并且二者协同进化.为了验证这一理论,以13个物种的基因组作为研究样本,凭借Smith-Waterman的局域比对方法,最终得到在成熟mRNA与其内含子序列之间的最佳匹配片段,同时在mRNA序列上显示出最佳匹配强度的分布区.然后对最佳匹配片段的长度、配对率的分布这两项参数进行分析之后,发现最佳匹配片段的这两个参数的特征,与siRNA和miRNA的结合特征是相近的;在mRNA序列上,得出UTR区与内含子相互作用强,GC含量低的片段偏好结合到3'UTR区,相反GC含量高的片段更倾向与5'UTR区发生相互作用.因此,最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用规律,可以把内含子看成是一种具有基因表达调控功能的序列.以上研究对于进一步探讨内含子的功能和进化具有重大意义.