双绕蛋白质的分类与识别

• 作者: 乔辉 刘岳 徐海松 李晓琴
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 双绕蛋白质 RMSD 系统聚类 隐马尔科夫模型 折叠类型识别
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: Q523
• 字数: 2671字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.01.001

摘要

蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容.双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型.选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为 93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	徐海松	北京工业大学生命科学与生物工程学院	9	39	3.0	5.0
3	刘岳	北京工业大学生命科学与生物工程学院	2	12	2.0	2.0
4	乔辉	北京工业大学生命科学与生物工程学院	4	17	3.0	4.0