酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析

• 作者: 张静 田瑞琴 胡俊
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 酵母基因 启动子 转录因子结合位点 组合调控
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 127-133
• 分类号: Q811.4
• 字数: 6559字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.02.008

摘要

真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况.基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合.然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持.对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0~100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用.这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张静	云南大学数学与统计学院统计系	50	141	7.0	10.0
2	胡俊	云南大学生物资源保护和利用重点实验室	6	27	4.0	5.0
3	田瑞琴	云南大学数学与统计学院统计系	1	2	1.0	1.0