油料作物EST资源的生物信息学分析

• 作者: 刘胜毅 惠丰立 柯涛 柴国华 毛晗 董彩华
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 油料作物 油脂代谢 EST序列资源 生物信息学 代谢网络
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 165-170,174
• 分类号: Q939.124|Q518.3
• 字数: 3905字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.02.017

摘要

利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,185,911条EST 序列,使用Crosmatch、RepeatMasker、Phrap、CAP3、EMBOSS、Blast、EST-pipeline、ORF finder、Interproscan、blast2go、IdentiCS等软件,基于Linux 操作系统,进行了综合及分类分析.共获得289,892条UniEST序列,通过以上对EST序列信息的基因注释信息,筛选出与油脂代谢相关的基因信息,并以此为基础构建了油料作物油脂代谢途径比较结构图.本研究为油料作物油脂代谢相关基因数据库的构建和不同油料作物油脂代谢异同的比较打下基础.