利用高通量测序快速检测疑似感染患者体内未知病原体

• 作者: 刘恩梅 刘玮 安小平 庄璐 方祥 李存 李建彬 童贻刚 米志强 罗征秀 范华昊 陈斌 鲍一丹
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 高通量测序 未知病原体检测 内源性病毒K113
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 页码范围: 303-306,313
• 分类号: Q518.2
• 字数: 4718字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.04.09

摘要

采用第二代高通量测序技术从复杂的疑似感染患者组织标本中直接快速检测未知病原体.方法:取临床和实验室均不能确诊的病人血液和淋巴组织,进行病毒DNA和RNA的提取,直接用于第二代高通量测序,将测序结果用于生物信息学分析,与本地化的病毒核酸数据库进行比对,寻找潜在的病毒序列.结果:生物信息学分析显示,3901条序列reads与人内源性病毒K113同源；当使用K113特异性引物对经过Dnasel处理的患者和正常个体进行荧光定量RT - PCR时,发现在患者体内K113病毒基因的表达远远高于正常个体,提示该患者可能存在K113病毒的感染.结论:第二代高通量测序可能用于快速检测未知病原体.