猪精浆蛋白基因PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ启动子序列克隆及生物信息学分析

• 作者: 何庆玲 吴晗 周辉云 宋成义 李庆平 陈国宏
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 PSP-Ⅰ PSP-Ⅱ 启动子
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 50-53,59
• 分类号: Q518.2
• 字数: 3891字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.01.013

摘要

分别用PCR方法扩增了1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子,并进行TA克隆,测序鉴定,测序结果用DNAstar程序与Genebank中的相应序列进行对比分析,结果显示与已发表序列的同源性分别为99.8%和96.3%.利用生物信息学的方法对克隆的1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子区进行了预测分析.PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因序列对比(mVista)分析发现,启动子0→-1000bp的保守性较高,其中0→-200bp核心启动子部分的序列同源性达到了100%,而-1000bp上游序列的保守性则较低.启动子的位置预测(Promoter Scan)结果显示,转录起始点上游200bp的区域为两基因的核心启动子位置.启动子区转录因子结合位点预测(TFSEARCH)发现,转录起始位点上游的1000bp区域内含有大量的顺式调控元件,并且得到了一系列潜在的转录因子结合位点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈国宏	扬州大学动物科学与技术学院	393	3876	28.0	46.0
2	宋成义	扬州大学动物科学与技术学院	80	646	13.0	22.0
3	吴晗	扬州大学动物科学与技术学院	12	47	5.0	6.0
4	周辉云	扬州大学生物科学与技术学院	6	22	3.0	4.0
5	李庆平	扬州大学动物科学与技术学院	5	11	2.0	3.0
6	何庆玲	扬州大学动物科学与技术学院	5	20	3.0	4.0