蛋白质二级结构在线服务器预测评估

• 作者: 刘毅慧 朱树平
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质二级结构 预测 在线服务器 准确率 评估
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 53-60
• 页数: 8页
• 分类号: Q518.1
• 字数: 5489字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201808002

摘要

蛋白质二级结构的预测,对于研究蛋白质的功能和人类生命科学意义非凡.1951年开始提出预测蛋白质二级结构,1983年对于二级结构的预测只有50％的准确率.经过多年的发展,预测方式不断的改进和完善,到如今准确率已经超过80％.但目前预测在线服务器繁多,连续自动模型评估(CAMEO)也只给出服务器三级结构的预测评估,二级结构评估还未实现.针对上述问题,选取了以下6个服务器:PSRSM、MUFOLD、SPIDER、RAPTORX、JPRED和PSIPRED,对其预测的二级结构进行评估.并且为保证测试集不在训练集内,实验数据选取蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)最新发布的蛋白质.在基于蛋白质同源性30％、50％和70％的实验中,PSRSM取得Q3的准确率分别为91.44％、88.12％和90.17％,比其他预测服务器中最高的MUFOLD分别高出3.19％、1.33％和2.19％,证明在同一类同源性数据中PSRSM比其他服务器有更好的预测效果.除此之外实验也得到其预测的Sov准确度也比其他服务器要高.比较各类服务器的方法与结果,得出今后蛋白质二级结构预测应当重点从大数据、模板和深度学习的角度进行研究.