火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析

• 作者: 刘天颐 刘纯鑫 林元震 郭海 陈晓阳 黄少伟
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 火炬松 DREB1基因 电子克隆 生物信息学 蛋白结构预测
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 页码范围: 43-46
• 页数: 4页
• 分类号: Q517
• 字数: 3491字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.01.010

摘要

利用来自Forest TreeDB数据库中热胁迫cDNA文库ESTs聚类、拼接组装的Unigene以及基因GO注释,得到了假定的火炬松DREB1基因,全长1 293bp,具有完整的蛋白编码框的cDNA序列.采用DNAMAN软件分析碱基组成、限制酶切位点和重复序列等,结果发现,该序列与其他物种中克隆得到的DREB1具有较高的同源性,初步断定所电子克隆得到的cDNA序列为火炬松DREB1基因(PteaDREB1).在此基础上,利用网上的公共数据库和相关软件(Antheprot等)对PteaDREB1编码的理化性质和一级结构进行分析,并模拟了其二级结构和三级结构.结果表明,该蛋白为疏水性非球形可溶蛋白,含有295个氨基酸,分子量为32.4kD,等电点为8.22;其二级结构以螺旋和卷曲为主,三级结构具有DREB蛋白家族中典型的结合DNA 的AP2结构域.这进一步说明所克隆到的cDNA片断为火炬松DREB1基因.上述研究结果可为PteaDREB1基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用奠定基础,具有一定的现实意义和应用前景.