基于EST数据的水稻基因表达大规模初步分析

• 作者: 宋东光
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 水稻 EST Bast Phrap 组织特异表达
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 96-102
• 页数: 7页
• 分类号: Q344+.13
• 字数: 2787字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.04

摘要

EST序列代表了组织基因表达的转录信号，本研究尝试开发简单高效的大规模EST分析方法，从NCBI下载水稻（Oryza sativa）的所有EST序列并进行分析以获取水稻发育过程基因表达的重要信息。通过进行blast比对和phrap拼接分析，及利用Unix文本过滤方法，从EST序列拼接获得了3万多个重叠群序列。进一步将重叠群序列与NCBI核酸数据库进行比对获得了各个序列的注释信息。从重叠群的组织表达初步挖掘中发现花药的表达数量最多，为下一步探讨水稻发育器官特异表达基因调控打下了重要基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋东光	佛山科学技术学院园艺系	9	41	4.0	6.0