一种基于基因拓扑重要性的通路识别方法

• 作者: 刘文斌 方宏源 昝乡镇 沈良忠
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 癌症 基因表达谱 通路分析 基因特异性 基因重要性
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 214-220
• 页数: 7页
• 分类号: TP311.13|R730.5
• 字数: 3996字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.201702003

摘要

癌症相关通路的识别是认识癌症发生发展过程机制的生物学基础.已有的通路识别方法很少考虑基因在通路中的拓扑重要性.重叠基因降权(PADOG)方法在基因集分析(GSA)方法的基础上融入了基因特异性的影响,提高了癌症相关通路的识别性能.为进一步提高癌症相关通路的识别性能,首先统计了KEGG通路数据集中基因出度的分布情况,根据基因出度的大小定义了基因的重要性.最后将基因的特异性和重要性融合在一起,提出了一种基于基因重要性和特异性的通路分析方法PAGIS.在结肠癌、肺癌和胰腺癌3个数据集上的实验结果表明,PAGIS方法比PADOG能够提高很多癌症相关的排名,从而提高癌症相关通路的识别效果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘文斌	温州大学物理与电子信息工程学院	36	152	6.0	11.0
2	沈良忠	温州商学院信息工程学院	36	48	3.0	5.0
3	昝乡镇	温州商学院信息工程学院	5	15	2.0	3.0
4	方宏源	温州大学物理与电子信息工程学院	1	0	0.0	0.0