HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号通路的生物信息学挖掘

• 作者: 朱乃硕 李林芝 谢君
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: HBV 差异表达基因 关键基因 关键信号通路
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 214-221
• 页数: 8页
• 分类号: R711.22
• 字数: 4467字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201804003

摘要

为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Om-nibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达基因,进一步做GO和KEGG富集分析以及基因网络相互作用分析,筛选关键基因和信号通路.从HBV感染样本中筛选出fold change≥2,p-value<0.05的上调差异表达基因44个,GO分析获得关键基因BAK1和TP63,差异表达基因网络互作获得5个位于枢纽位置的基因:NDUFS1、NDUFS2、COX7B、ATP5B、OPA1.KEGG分析获得关键信号通路有:乙型肝炎信号通路、病毒癌变信号通路、FoxO信号通路、PI3K-Akt信号通路.本研究筛选出的多数基因与线粒体和氧化呼吸链有关,造成这一现象的具体机制还需进一步探究.