基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗 SARS-CoV-2活性肽研究

• 作者: 仪淑敏 何玮 励建荣 徐永霞 朱文慧 李学鹏 步营 王飞
• 来源期刊: 食品科学技术学报
• 学科: 工学
• 关键词: 分子模拟 模拟酶解 SARS-CoV-2 虚拟筛选 分子对接 抗新型冠状病毒肽段
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 54-62
• 页数: 9页
• 分类号: TS254.1|Q518
• 字数: 3895字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-6002.2020.04.007

摘要

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测.选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性.结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93.研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARS-CoV-2能力.本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路.