基于结构信息的RNA多序列比对

• 作者: 王正志 赵英杰
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 多序列比对 RNA二级结构 配对概率矩阵 结构信息矢量 动态规划
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 页码范围: 128-132
• 分类号: Q522+.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2009.02.012

摘要

多序列比对是生物信息学中重要的基础研究内容,对各种RNA序列分析方法而言,这也是非常重要的一步.不像DNA和蛋白质,许多功能RNA分子的序列保守性要远差于其结构的保守性,因此,对RNA的分析研究要求其多序列比对不仅要考虑序列信息,而且要充分考虑到其结构信息.本文提出了一种考虑了结构信息的同源RNA多序列比对算法,它先利用热力学方法计算出每条序列的配对概率矩阵,得到结构信息,由此构造各条序列的结构信息矢量,结合传统序列比对方法,提出优化目标函数,采用动态规划算法和渐进比对得到最后的多序列比对.试验证实该方法的有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵英杰	国防科技大学机电工程与自动化学院	5	6	2.0	2.0
2	王正志	国防科技大学机电工程与自动化学院	85	629	13.0	20.0