水稻全基因组编码抗病基因同源序列分析

• 作者: 任鄄胜 吕启明 李仕贵 王玉平 肖培村 赵慧霞 陈勇
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 抗病基因同源序列 基因模体分析 复制事件 转座子元件 基因组
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 91-97
• 分类号: Q811.4|Q62H30|Q92BO5
• 字数: 7617字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.02.001

摘要

利用模糊搜索的方法,在TIGR水稻日本晴基因组数据库(TIGR Rice Genome Annotation - Release 5)中识别出565个编码抗病蛋白质的同源序列;利用识别出565个编码抗病蛋白质序列分别与籼稻基因组数据库进行BLASTP联配,共确定320个对应的等位基因.通过在线生物信息学软件,识别了这565个抗病基因的保守结构域、保守模体和DNA序列内转座子元件,其中有14个抗病基因同源序列注释错误.同时绘出了这些基因的基因组分布,并基于这些基因的同源树分析和基因组物理分布,认为基因的原位和远程复制事件产生了抗病基因的现存分布和多样性,其中转座子在复制过程中扮演了重要角色.这些对抗病机制研究和抗病基因进化研究以及抗病基因的转育具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖培村		14	30	4.0	5.0
2	陈勇		10	28	4.0	5.0
3	赵慧霞		1	5	1.0	1.0