起始密码子下游区域AT含量优化工具BestAT的开发与应用

• 作者: 余劲聪 唐龙盘 方柏山
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 起始密码子下游区域 AT含量 密码子优化 BestAT软件 甘油脱氢酶
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 1-4
• 分类号: TP31|Q81
• 字数: 2793字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.01.01

摘要

基因的表达水平受到起始密码子下游区域AT含量的影响,从巨大的序列集中筛选出具有特定AT含量和密码子用法特征的同义序列是一个繁琐的工作.本文研发AT含量优化工具“BestAT”,初步解决了自动获取海量同义序列和充分展示同义序列的密码子用法特性两个关键问题,并且实现了与密码子用法数据库(CUD)的无缝结合,采用了密码子参数的原位标示和AT含量曲线等直观方式展示序列特性,为这类实验设计提供有力的支持.