基于pose共享的蛋白质-配体构象并行搜索算法

• 作者: 吕强 杨伟
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 分子对接 构象搜索 pose共享 RosettaLigand
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 157-161
• 页数: 5页
• 分类号: TH133|TP183
• 字数: 2913字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.03.01

摘要

RosettaLigand使用多次启动对接协议的方式对蛋白质-配体复合物构象空间进行采样，在串行或并行的构象搜索实例之间并不共享采样信息。因此并行对接与串行对接相比仅仅是增加了对接的速度，并不能改善对接的性能。我们对Rosetta 3．4版中的RosettaLigand算法进行了修改，在并行的对接实例之间共享采样信息，以实现多个对接实例协同优化采样进程。在一个包含11个目标的测试集合上进行的测试表明，共享采样信息在大多数对接实验中显著地提高了近天然构象在候选结构集合中的比例，同时还降低了整个候选结构集合的平均能量。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕强	苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室	134	1011	15.0	26.0
2	杨伟	苏州大学计算机科学与技术学院	10	52	4.0	7.0