毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析

• 作者: 刘笑雨 喻珮瑶 张智俊 李新然 陈家璐 马瑞芳
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 毛竹 SWEET基因家族 基因分析 功能鉴定
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 236-246
• 页数: 11页
• 分类号: Q343.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/202002003

摘要

糖外排转运蛋白(Sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)在植物生理活动和发育过程中起重要作用.为探究SWEET基因家族在毛竹(Phyllostachys edulis)的生长发育过程中起的作用,基于毛竹基因组数据,通过生物信息学方法对SWEET基因家族成员进行鉴定,并对其编码的蛋白质理化性质、系统进化及共线性关系、基因结构、启动子元件及表达模式、蛋白互作网路分析、GO注释等进行细致分析.研究结果表明:该家族基因结构、基序和结构域相对保守,所有成员均含有MtN3_slv结构域.上游启动子序列中含有多个同非生物胁迫以及生长发育相关元件,结合转录组表达量分析显示,多个家族成员在毛竹不同组织器官均有表达.共线性分析揭示毛竹SWEET家族在演化过程中存在全基因组多倍化事件.蛋白互作网路分析挖掘出2个重要核心家族成员,GO注释分析进一步证实毛竹SWEET主要负责体内糖类物质的转运.以上结果为毛竹SWEET基因功能鉴定提供了重要参考,对于毛竹快速生长分子机制研究打下了基础.