用ID-SVM预测蛋白质的ATP结合位点

• 作者: 包文荣 赵巨东
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 多样性增量 支持向量机 6类亲疏水紧邻 三磷酸腺苷(ATP)
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 181-185
• 页数: 5页
• 分类号: Q61
• 字数: 4320字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.03.04

摘要

从蛋白质序列出发,对经Dr.G.P.S.Raghava整理和使用过的168条非冗余的ATP与蛋白质结合氨基酸序列进行分段,对ATP与蛋白质结合位点进行了统计分析.在此基础上,利用20种氨基酸的亲疏水性将20种氨基酸约化为6类.以氨基酸组分和6类亲疏水紧邻为参数,用多样性增量(ID)方法将氨基酸组分和6类亲疏水紧邻降维并将降维后的特征参数输入支持向量机中运算,本文运算结果显示用氨基酸组分ID值和6类亲疏水紧邻ID值共同作为特征参数结果最优,在七交叉检验下的预测总精度达到了99.67％,相关系数达到0.993 4,好于前人的预测结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵巨东	内蒙古工业大学理学院	29	85	6.0	8.0
2	包文荣	内蒙古工业大学理学院	1	4	1.0	1.0