ABIPGM测序平台用于细菌基因组denovo测序的评价

• 作者: 黄方亮
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: PGM测序平台 细菌基因组测序
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 116-119
• 页数: 4页
• 分类号: Q75
• 字数: 2966字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.07

摘要

为了探索加快细菌基因组研究的方法，利用ABI PGM测序平台测定了1株单细胞硫还原地杆菌的基因组序列。测序共获得1．4 Gbp 数据，平均读长为177 bp。通过多个拼接软件并采用合适的组装策略，得到一个完整细菌基因组3．55 Mbp和一条完整质粒序列110 kbp。测定基因组序列与参考基因组kn400序列的相似性达到94％，参考基因组91％的基因能在测定基因组中找到相似基因。通过本研究表明采用ABI PGM测序平台结合灵活的拼接策略可快速构建细菌基因组精细图谱，为进一步的功能注释及深入的信息分析提供准确的数据，大大加快研究进程。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄方亮	浙江大学生命科学学院	2	5	1.0	2.0