基于最优分割位点的蛋白质亚细胞位点预测方法

• 作者: 刘太岗 王伟 王军 窦永超 赵娟 郑小琪
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质序列 亚细胞位点 夹克刀检验 总体精度 特征融合
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 171-175,180
• 分类号: TP391.4
• 字数: 5056字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.018

摘要

蛋白质的亚细胞位点信息有助于我们了解蛋白质的功能以及它们之间的相互作用,同时还可以为新药物的研发提供帮助.目前普遍采用的亚细胞位点预测方法主要是基于N端分选信号或氨基酸组分特征,但研究表明,单纯基于N端分选信号或氨基酸组分的方法都会丢失序列的序信息.为了克服此缺陷,本文提出了一种基于最优分割位点的蛋白质亚细胞位点预测方法.首先,把每条蛋白质序列分割为N端、中间和C端三部分,然后在每个子序列和整条序列中分别提取氨基酸组分、双肽组分和物理化学性质,最后我们把这些特征融合起来作为整条序列的特征.通过夹克刀检验,该方法在NNPSL数据集上得到的总体精度分别是87.8%和92.1%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王军	上海师范大学数理学院	5	10	2.0	3.0
3	王伟	上海师范大学数理学院	37	74	5.0	7.0
4	赵娟	上海师范大学数理学院	4	6	1.0	2.0
5	郑小琪	上海师范大学数理学院	5	12	2.0	3.0
6	窦永超	大连理工大学数学科学学院	1	6	1.0	1.0
7	刘太岗	山东农业大学信息科学与工程学院	2	6	1.0	2.0