葡萄BRX基因家族生物信息学分析

• 作者: 李文芳 杨世茂 毛娟 陈佰鸿 马宗桓
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 BRX基因家族 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 158-164
• 页数: 7页
• 分类号: S663.1|Q343.1
• 字数: 4223字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.03.03

摘要

BRX基因家族是一类植物特有的转录因子家族,在拟南芥中参与调节根细胞的增殖与伸长. 利用生物信息学方法对葡萄基因组中存在的BRX 基因家族进行了电子克隆,并对其进行了基因组的定位、蛋白质的结构、理化性质、二级结构及亚细胞定位的预测与分析,并对其与其它植物进化的亲缘关系进行了研究. 基因组定位结果发现:葡萄基因组中6个BRX基因集中分布在3条染色体上,其中VvBRX1和VvBRX2分布在第2条染色体上,VvBRX3和VvBRX4分布在第9条染色体上,VvBRX5和VvBRX6分布在第11条染色体上;编码蛋白的氨基酸数目为360~560个,VvBRX5 的相对分子量(61 884.4)和理论等电点(9.38)均最大,而VvBRX1 的相对分子量(40 239.1)和理论等电点(6.23)均最小. 研究显示,不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间存在一定的差异,但都为疏水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲为6个BRX氨基酸序列的主要组成部分;均不存在跨膜域及信号肽. 基因结构分析表明,6个BRX基因都含有外显子和内含子结构. 亚细胞定位分析表明:6个VvBRX基因均定位于细胞核. 系统进化分析结果表明,VvBRX1、VvBRX2基因与胡杨的亲缘关系最近,相似性达96%;VvBRX3、VvBRX4与蓖麻、麻疯树、柑橘、可可、大豆聚为一类,说明其进化关系较近;VvBRX5与其它VvBRX基因明显分开;VvBRX6基因与莲的亲缘关系最近. 试验结果为葡萄BRX 基因家族的克隆和功能分析奠定了一定的研究基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈佰鸿	甘肃农业大学园艺学院	128	886	13.0	25.0
2	毛娟	甘肃农业大学园艺学院	91	429	10.0	18.0
3	李文芳	甘肃农业大学园艺学院	13	25	3.0	4.0
4	马宗桓	甘肃农业大学园艺学院	28	47	4.0	5.0
5	杨世茂	甘肃农业大学园艺学院	2	10	1.0	2.0