生物信息学期刊
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生物信息学

China Journal of Bioinformatics

CSTPCD

影响因子 0.3945
本刊是由哈尔滨工业大学主办的生物信息及相关领域的国内外公开发行的学术刊物,报道我国生物信息技术研究开发的重要成果和国内外生物信息技术及其产业化最新进展。
主办单位:
哈尔滨工业大学
ISSN:
1672-5565
CN:
23-1513/Q
出版周期:
季刊
邮编:
150001
地址:
黑龙江省哈尔滨市西大直街92号哈尔滨工业大学邵逸夫科学馆一楼
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  • 作者: 周贵良 梁敏玲 洪来法 郑柳城 陈转贤
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  139-141
    摘要: 利用NCBI提供的RefSeq序列,通过BLAT、Sim4和自主开发的剪接比对程序Ealter1.0对人类RefSeq转录本进行外显子预测,根据预测的外显子信息,采用自主开发SYBR Gre...
  • 作者: 刘选明 周祎 易丽萍 李明福 谭钟扬 陈洪俊
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  142-146,149
    摘要: 现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列.利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子...
  • 作者: 曹波 杨跃 黄晓韵
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  147-149
    摘要: 利用SAS软件对GEO的一个肺癌芯片实验进行挖掘.采用非参数检验,判别分析和回归分析对该芯片实验中14个核受体的表达信息进行分析.结果表明,在0.05显著性水平下,ER1、VDR、 RARα...
  • 作者: 张秀清 梁群 汪建 王琪
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  150-152,155
    摘要: 单碱基突变的筛选和分类是SNP分析的基础.为解决手工进行突变位点挖掘工作的困难,编写了VersusSNP软件.它可以解析并过滤序列比对结果,并根据突变类型将位点加以分类,以图形界面呈现给用户...
  • 作者: 李彬彬 钟复光 黄培春
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  153-155
    摘要: 对线粒体DNA(mtDNA)序列进行多态性分析,将有利于从母系遗传的角度研究各人群的源流、迁移以及亲缘关系等情况.探讨利用Internet共享生物学软件对各种生物样本mtDNA高变区进行序列...
  • 作者: 徐振源 蒋丽丽 高洁
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  156-160,164
    摘要: 利用DNA序列的混沌游戏表示(chaos game representation,CGR),提出了将2维DNA图谱转化成相应的类谱格式的方法. 该方法不仅提供了一个较好的视觉表示,而且可将D...
  • 作者: 伍宁丰 王立群 许丽
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  161-164
    摘要: 生物信息学的发展产生了越来越多的数据库和生物学软件,研究人员在应用这些生物学工具处理实验数据时需要大量的时间解决数据格式转换和管理等问题.本文介绍了一种交互式的基于网络的新一代生物信息学分析...
  • 作者: 刘胜毅 惠丰立 柯涛 柴国华 毛晗 董彩华
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  165-170,174
    摘要: 利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,1...
  • 作者: 刘强 刘毅慧 成金勇 李保朋 王丽娟
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  171-174
    摘要: 通过评价31磷磁共振波谱(31Phosphorus Magnetic Resonance Spectroscopy,31P-MRS)来辨别三种诊断类型:肝细胞癌,正常肝和肝硬化.运用反向传输...
  • 作者: 徐利娟 穆松 钟金城 陈智华
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  175-179,186
    摘要: 流行性感冒病毒是一种造成人类及动物患流行性感冒的RNA病毒,它造成急性上呼吸道感染,并由空气迅速传播,在世界各地常有周期性的大流行.根据该病毒的基因组CDS序列,探讨了基因组序列密码子的使用...
  • 作者: 罗佳 金锋
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年2期
    页码:  180-186
    摘要: 为阐明自杀行为的机制,在众多的自杀候选基因中,本文着重对候选基因5-HT2Α受体基因进行了生物信息学分析,结果支持候选基因及其编码蛋白质参与自杀行为的生理生化过程,为自杀行为受基因、环境的共...
  • 作者: 吴琳琳 徐硕
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  187-190
    摘要: 蛋白质结构预测是现代计算生物领域最重要的问题之一,而蛋白质二级结构预测是蛋白质高级结构预测的基础.目前蛋白质二级结构的预测方法较多,其中SVM方法取得了较高的预测精度.重在阐述使用SVM用于...
  • 作者: 王文祥 陈小波
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  191-193
    摘要: DNA的电学性质关系到生命信息静态的存储和动态的释放,因此一直备受关注.在一种紧束缚模型的基础上,研究了DNA的电传输性质,并分析了DNA 的导电性的生物意义.在特定的传导距离下,可以利用导...
  • 作者: 孙汉顺 孙立哲 郑文岭 马文丽 高静宇
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  194-197
    摘要: 已有研究证明,HIV整合位点的选择, 与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确.使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列...
  • 作者: 朱苏文 江海洋 江腾 程备久 骆晨
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  198-201
    摘要: Dof转录因子家族在植物生长发育和基因表达调控过程中具有重要的作用,本文利用公布的玉米基因组草图数据,利用生物信息学方法对玉米全基因组Dof基因的结构、系统进化关系和保守motif进行了分析...
  • 作者: 孙汉顺 孙立哲 郑文岭 马文丽 高静宇
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  202-205
    摘要: 基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列.本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序...
  • 作者: 孟军 孟翔燕 葛家麒
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  206-209
    摘要: 目前评价蛋白质二级结构预测方法主要考虑预测准确率,并没有充分考虑方法自身参数对方法的影响.本文提出一种新型评价方法,将内在评价与外在评价相结合评价预测方法的优劣.以基于混合并行遗传算法的蛋白...
  • 作者: 冯有胜 李宏
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  210-213
    摘要: 描述了细胞色素C(CytC)从线粒体释放的机制及其在细胞凋亡中的作用,主要阐述了细胞凋亡信号转导途径中的线粒体-CytC途径及AIF途径;CytC在细胞凋亡中的作用及介导细胞凋亡的方式.探讨...
  • 作者: 曾照芳 李明强 黄凌艳
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  214-218
    摘要: RNAi是指在特定因子的作用下,由导入细胞内的双链RNA(dsRNA)降解成的约22nt左右的siRNA.是近年来发现的可被人工诱导的一种生物体自身所具有的基因沉默现象.因为其相对于其他类似...
  • 作者: 向昌盛 周子英 夏艳军
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  219-222
    摘要: 支持向量回归机(Support vector regressio,SVR)模型的拟合精度和泛化能力取决于其相关参数的选择,其参数选择实质上是一个优化搜索过程.根据启发式广度优先搜索(Heur...
  • 作者: 朱延明 李勇 束永俊
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  223-227
    摘要: 在生命体内,基因以及其它分子间相互作用形成复杂调控网络,生命过程都是以调控网络的形式存在,如从代谢通路网络到转录调控网络,从信号转导网络到蛋白质相互作用网络等等.因此,网络现象是生命现象的复...
  • 作者: 卢卫红 孙野青 王巍
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  228-232,236
    摘要: 基因本体论是关于基因和蛋白质知识的标准词汇,也是今后实现各种与基因相关的数据统一、数据转换、数据挖掘的基础.本文通过分子功能基因本体论比较了不同模式生物基因产物分子功能分布的异同.结果发现:...
  • 作者: 刘纯鑫 林元震 郭海 陈晓阳 黄少伟
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  233-236
    摘要: 以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析.研究结果如下:从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松...
  • 作者: 姚龙 赵巨东 赵禹
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  237-239,244
    摘要: 对未知蛋白的功能注释是蛋白质组学的主要目标.一个关键的注释是蛋白质亚细胞定位的预测.本文应用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)的方法,对阳性革兰氏细菌蛋白的5类亚细胞定位点进行预测.在独...
  • 作者: 丁德武 何小青 吴璞 陆克中 黄海生
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  240-244
    摘要: 从拓扑结构的角度分析生化反应网络是生物信息学研究中的一个热点问题.通过将两种传统的途径分析方法(基元模式和极端途径)与Petri网的T不变量分析进行了比较,结果表明:它们本质上是一致的,但是...
  • 作者: 乔辉 仁文科 刘岳 徐海松 李晓琴
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  245-247,253
    摘要: 蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础.目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据...
  • 作者: 卢志远 孙啸 王亚旭 逯雯雯
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  248-253
    摘要: 随着新一代测序技术的发展,新的拼接算法应运而生.介绍了目前国际上广泛认可的几种新的拼接算法的基本原理与具体步骤,分析每种算法的优缺点以及适用范围.用Helicobacter acinonyc...
  • 作者: 屠鞠传礼 王建军
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  254-257,262
    摘要: 为了研究CpG岛产生和消失机制以及位于基因启动子区域外的CpG岛保守性等问题,我们通过序列比对和进化保守性分析等方法,分析在人类和小鼠中保守的基因上的CpG岛.结果显示已有保守序列的突变以及...
  • 作者: 刘国庆 李宏 王志坚 王芳平
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  258-262
    摘要: 分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可...
  • 作者: 宋东光
    刊名: 生物信息学
    发表期刊: 2010年3期
    页码:  263-266,270
    摘要: 近年来对生物医学文献的文本挖掘在功能基因组学研究中得到了广泛开展.为了更好的检索MEDLINE摘要,本文介绍利用Unix文本过滤命令实现了对摘要的自动下载和更新.同时,对癌基因表达数据,如癌...

生物信息学基本信息

刊名 生物信息学 主编 任南琪
曾用名
主办单位 哈尔滨工业大学  主管单位 中华人民共和国工业和信息化部
出版周期 季刊 语种
chi
ISSN 1672-5565 CN 23-1513/Q
邮编 150001 电子邮箱 itgene@sohu.com
电话 0451-86414135;0451-86417711(吴永英) 网址 http://swxxx.alljournals.cn/ch/index.aspx
地址 黑龙江省哈尔滨市西大直街92号哈尔滨工业大学邵逸夫科学馆一楼

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